Trong mùa 6, Kara Danvers (Supergirl) bị giam giữ trong Vùng Bóng Ma (Phantom Zone), nơi cô phát hiện cha mình, Zor-El, cũng đang bị mắc kẹt. Sau khi được giải cứu, Kara và nhóm bạn phải đối mặt với mối đe dọa từ Nyxlygsptlnz (Nyxly), một sinh vật đến từ chiều không gian thứ năm, kẻ tìm cách trả thù cha mình. Lex Luthor sau đó liên minh với Nyxly, dẫn đến trận chiến cuối cùng trong loạt phim.