Phần 2 tiếp tục tập trung vào cuộc đấu tranh của Chuck để giữ kín cuộc sống gián điệp của mình và cuộc sống thực ngoài đời anh chàng bắt đầu quen với việc làm điệp viên. Bên cạnh đó, những thông tin cơ bản về dự án Intersect được tiết lộ. Fulcrum, một tổ chức hoạt động là kẻ thù của Intersect bắt đầu nhúng tay vào. Ngoài ra, mối quan hệ giữa Chuck và Sarah tiếp tục phát triển gần gũi hơn. Chuck cuối cùng cũng mở lời hẹn hò với Sarah